Stoðaskipulaginu (e. pillar structure) var komið á með Maastricht-sáttmálanum sem gekk í gildi árið 1993. Sáttmálinn er stofnsáttmáli Evrópusambandsins sem gegndi til að byrja með hlutverki eins konar þaks í stoðaskipulaginu. Evrópubandalögin, það er Evrópubandalagið, Kjarnorkubandalag Evrópu og Kola- og stálbandalag Evrópu (til 2002), mynduðu fyrstu stoð sambandsins. Önnur stoð rúmaði sameiginlegu stefnuna í utanríkis- og öryggismálum og í þriðju stoðinni var komið fyrir samvinnu aðildarríkjanna í lögreglu- og dómsmálum. Í daglegu tali varð Evrópusambandið fljótlega samheiti yfir allt það sem fram fór í stoðunum þremur.
Stoðaskipulagið var afnumið með gildistöku Lissabon-sáttmálans árið 2009 en efni þriðju stoðar hafði þá að miklu leyti verið tekið inn í fyrstu stoðina. Evrópusambandið leysti um leið Evrópubandalagið af hólmi og varð arftaki réttinda þess og skyldna.
Meginmunurinn á stoðunum þremur, fyrir utan þann efnislega, lá í eðli samstarfs aðildarríkjanna. Aðeins í fyrstu stoðinni var samstarfið yfirþjóðlegt að því leyti að ákvarðanir væru jafnan teknar með meirihluta atkvæða en ekki einróma samþykki. Til að taka ákvarðanir í málum sem féllu undir aðra eða þriðju stoð þurfti hins vegar undantekningarlaust samhljóða samþykki allra aðildarríkjanna. Aðildarríkin réðu því yfir neitunarvaldi í málaflokkum annarrar og þriðju stoðar.
Það var að þessu leyti sem breytingar urðu á þriðju stoðinni. Með Amsterdam-sáttmálanum, sem samþykktur var árið 1999, voru meirihlutaákvarðanir innleiddar um ýmis atriði í samvinnu aðildarríkjanna í innanríkismálum. Samtímis var Schengen-samstarfið fært í lög sambandsins. Þrátt fyrir afnám stoðaskipulagsins gilda enn þá reglur hefðbundins milliríkjasamstarfs, eitt ríki eitt atkvæði, um sameiginlegu stefnuna í utanríkis- og öryggismálum.